Institut Daarul Qur’an memiliki 3 Fakultas diantaranya adalah:
1. Fakultas Ushuludin
- Ilmu Qur’an dan Tafsir
- Ilmu Hadits
2. Fakultas Tarbiyah dan Keguruan
- Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah
- Bimbingan dan Konseling Pendidikan Islam
3. Fakultas Ekonomi Bisnis Islam
- Hukum Ekonomi Syari’ah
- Manajemen Bisnis Syariah
