Kegiatan pembelajaran di Pesantren Qubah Mahasiswa Idaqu dimulai pada minggu pertama September dan diakhiri pada minggu ke empat bulan Agustus tahun berikutnya. Pembukaan pembelajaran diawali dengan silaturahmi dan penyerahan oleh ruang tua/wali mahasiswa kepada penanggung jawab pesantren mahasiswa. Penutupan pembelajaran diakhiri dengan acara imtihan dan pelepasan mahasiswa. 

Setiap mahasiswa akan ditempatkan pada kelas yang sesuai dengan kemampuan dasar yang dimiliki pada awal masuk Pesantren Qubah Mahasiswa Idaqu. Tim pesantren mahasiswa akan mengadakan penelusuran kemampuan melalui placement test yang diorientasikan dan dikelompokkan berdasarkan kemampuan membaca Al-Qur’an pengetahuan agama Islam secara umum, kemampuan mengenal Bahasa Arab serta pengalaman menjalankan pembelajaran ala pondok pesantren.

Penjenjangan dikelompokkan menjadi 3 (tiga) jenjang, yaituMubtadi, Mutawassit dan Mahir. Kelas Mubtabi akan ditempati oleh para mahasiswa yang belum lancar membaca Al-Qur’an serta tidak mengenal Bahasa Arab. Kelas Mutawassit adalah tingkatan menengah atau rata-rata dimana mahasiswa mampu mengenal baca tulis Al-Qur’an namum masih belum terlalu mahir, serta minim kemampuan Bahasa Arab. Sedangkan kelas Mahir akan ditempati oleh mahasiswa yang telah memiliki pengalaman kepesantrenan dengan kemampauan mahir membaca Al-Qur’an dan memiliki bekal Bahasa Arab yang cukup untuk mengkaji kitab-kitab.

Desain kurikulum pada Pesantren Qubah Mahasiswa Idaqu menggunakan sistem pembalajaran yang berorientasi pada pemahaman kontekstual, paradigm pembelajarannya berpusat pada mahasiswa (student centered learning), bukan berpusat pada ustadz (teacher centered learning) sehingga pola pembelajaran pesantren mahasiswa lebih banyak pembelajaran kontekstual (contextual learning) dan pembelajaran berbasis masalah (problem based learning) dari pada pembelajaran yang bertumpu pada kerangka teoritis saja. Adapun dalam aspek metodologi pembelajaran, pesantren mahasiswa menggunkan metode kooperatif dengan didukung teknologi informasi.

Program pendidikan yang diterapkan di Pesantren Qubah Mahasiswa Idaqu dapat diklasifikasikan ke dalam dua bagian, yaitu:

  1. Kegiatan Klasikal

Kegiatan klasikal adalah proses pembelajaran (pengajian) yang dilakukan di dalam kelas. Kegiatan ini dilaksanakan melalui proses seleksi kemampuan mahasiswa pada pengelompokan kelas Mubtadi, Mutawassit dan Mahir. Masing-masing kelas akan dibina oleh dewan pengajar yang memiliki kompetensi sesuai dengan keilmuannya yang didasarkan atas kurikulum dan silabus Institut Daarul Quran.

Kegiatan ini dilakukan 6 hari dalam satu minggu (hari Senin sampai dengan Sabtu) yang dilakukan pada malam hari dan subuh. Hal ini dilakukan karena menyesuaikan dengan jadwal kuliah para mahasiswa di masing-masing Fakultas.

  • Kegiatan Non Klasikal

Kegiatan non klasikal merupakan kegiatan yang dilakukan oleh para mahasiswa di luar jadwal kelas. Program unggulan pesantren mahasiswa ini yaitu para mahasiswa tidak hanya dibekali pelajaran yang bersifat materi ajar, akan tetapi diajarkan pula cara berorganisasi dan bermasyarakat.

Penerapan kurikulum integral di Pesantren Qubah Mahasiswa Idaqu diharapkan dapat terlaksana efektif karena seluruh mahasiswa dalam mengikuti proses pendidikan tinggal di dalam pesantren mahasiswa selama 24 jam, sehingga proses trasmisi dan transformasi dapat dilakukan secara berkesinambungan dan berkelanjutan.

Target dan kegiatan keilmuwan yang diadakan di pesantren mahasiswa ini sebagai berikut:

  1. Tahsin dan Tahfiz 2 Juz

Mahasiswa diharapkan setelah 1 Tahun/ 2 semester mampu menghafal minimal 2 Juz dengan pembelajaran tahsin dan tajwid yang lengkap.

Sumber: Matan Imam Jazari

  • Hafalan Hadits

Program JODOH (Just One Day One Hadits) dengan target minimal memahami dan menghafal 100 hadis pillihan dan Hadis ‘Arbain, dengan rincian sebagai berikut:

  1. Tahun pertama    : 35 hadis pilihan dan 20 hadis ‘Arbain
  2. Tahun kedua         : 35 hadis pilihan dan 15 hadis ‘Arbain
  3. Tahun ketiga         : 30 hadis pilihan dan 7 hadis ‘Arbain

Sumber                 : Hadis ‘Arbain (Syeikh Nawawi Al-Bantani)

                                      Kitab Ihyaussunnah Daqu

  • Belajar Ilmu Nahwu dan Sharaf

Mampu memahami dasar-dasar bahasa Arab dan mampu membaca kitab gundul (kitab kuning tanpa harakat), dengan rincian sebagai berikut;

  1. Tahun pertama    : Nahwu Wadhih Jilid 1 & Shorof bab 1-3
  2. Tahun kedua         : Nahwu Wadhih Jilid 2 & Shorof bab 4-6
  3. Tahun ketiga         : Nahwu Wadhih Jilid 3 & Shorof bab 7-8

Sumber kitab         : Nahwu Wadhih (Ali Aljarim dan Musthofa Amin)

  Nazham Maqsud fi Ilm Al-Sharf نظم المقصود في علم الصرف))

  Pengarang: Ahmad bin Abdurrohim Al-Tahtawi

  • Adab dan Akhlaq
  • Tahun pertama    : Bab 1-3
  • Tahun kedua         : Bab 4-6
  • Tahun ketiga         : Bab 7-9

Sumber                        : At-Tibyan fi Hamalatil Qur’an

  • Tauhid
  • Tahun pertama    : Jilid 1
  • Tahun kedua         : Jilid 2
  • Tahun ketiga         : Jilid 3

Sumber                  : Kitab Tauhid (Dr. Shalih bin Fauzan bin Abdulah Al-Fauzan

  • Fiqih
  • Tahun pertama    : Kitab Thaharah – Kitab Haji (5)
  • Tahun kedua         : Kitab Buyu’ – Kitab Hudud (5)
  • Tahun ketiga         : Kitab Jihad – Kitab Al-‘Itq (6)

Sumber                  : Kifayatul Akhyar

  • Tafsir
  • Tahun pertama     : Muqaddimah + Juz 30 & 4 Surat Pilihan (Yasin, Ar-Rahman, Al-Waqi’ah, Al-Mulk)
  • Tahun kedua         : Juz 1&2
  • Tahun ketiga         : Juz 3&4

Sumber                  : Al-Munir Fi Al-‘Aqidah Wa Al-Shari’ah Wa Al-Manhaj

  (Dr. Wahbah Az-Zuhaili)

  • Qiroat
  • Tahun pertama      : Tahsin, Tilawah dan Tahfizh
  • Tahun kedua         : Tahsin, Tilawah dan Tahfizh
  • Tahun ketiga         : Tahsin, Tilawah, Tahizh dan Sanad

Sumber                  : Tim Markaz Tahfizh Daarul Qur’an (Dr. Zaid)